Prowadząc działalność gospodarczą, przedsiębiorca będący płatnikiem podatku VAT, ma możliwość zwrócenia się do Urzędu Skarbowego o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Mogą to być kwoty dochodzące nawet do kilkudziesięciu tysięcy złotych, dlatego też warto korzystać z tej możliwości. Pamiętać należy jednak o jednym, że urzędnicy mają prawo zbadać poprawność rozliczenia podatku od towarów i usług, w którym podatnik wykazuje nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. I z tego prawa korzystają praktycznie zawsze, stąd też przedsiębiorca powinien do kontroli być rzetelnie i skrupulatnie przygotowanym, a dokumentacja księgowa powinna być kompletna.
Weryfikacja zwrotu nadpłaconego podatku VAT może odbyć się w ramach następujących procedur podatkowych: czynności sprawdzających, kontroli lub postępowania podatkowego. Natomiast organ kontroli skarbowej weryfikuje zasadność zwrotu poprzez wszczęcie postępowania kontrolnego.
Przedsiębiorca powinien też uzbroić się w cierpliwość, gdyż postępowanie wyjaśniające nie musi zakończyć się przed upływem terminu zwrotu podatku. Termin ten może być przedłużony do zamknięcia czynności sprawdzających, kontroli, postępowania podatkowego lub postępowania kontrolnego, gdy zasadność dokonania zwrotu wymaga dodatkowego zbadania.
Podatnik musi się coraz częściej liczyć się z przedłużeniem 60-dniowego terminu zwrotu podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, jeżeli urzędnicy będą potrzebowali więcej czasu (a coraz częściej potrzebują) na analizę dokumentacji, uzupełnienie jej i zebranie innych niezbędnych informacji.
Urzędy skarbowe, zgodnie z wytycznymi z Ministerstwa Finansów, nie powinny jednak przetrzymywać całej kwoty zwrotu, jeżeli weryfikacja dotyczy tylko jej ułamka. Podatnicy powinni mieć szybciej na kontach tę część, której zasadność nie budzi wątpliwości, niestety nie zawsze jest to stosowane i cała kwota zwrotu podlega zatrzymaniu. Na postanowienie w sprawie przedłużenia terminu zwrotu wydanego w ramach czynności sprawdzających można złożyć zażalenie.
Podatnikowi przysługuje rekompensata finansowa w przypadku, gdy termin zwrotu podatku zostanie przedłużony, a przeprowadzone czynności wykażą zasadność zwrotu. Kwota zwrotu powinna być wypłacona wraz z odsetkami.
Sposobem na uzyskanie zwrotu w terminie ustawowym, pomimo wydania postanowienia o jego wydłużeniu do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego, jest złożenie w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego w wysokości odpowiadającej kwocie deklarowanego zwrotu. Zabezpieczenie może mieć formę m.in. gwarancji bankowej, poręczenia banku, weksla z poręczeniem wekslowym banku. Jeżeli wniosek i zabezpieczenie zostaną przedłożone na 13 dni przed upływem ustawowego terminu zwrotu podatku lub później, pieniądze otrzymuje się w ciągu 14 dni od dnia złożenia zabezpieczenia.
